Це місто вперше згадується в літописах під 1211 роком, але задовго до цього місто на р. Гнізна було одним з найбільш укріплених удільних центрів Галицько-Волинського князівства. Відомо, що в 13 ст. місто належало польському королю Лешку Білому (до 1219 р.)

Коли під стіни міста 1474 року підійшла татарська орда, захисники Збаража згоріли разом з фортецею —але не підкорилися. За це татари знищили замок, розібрали по камінчику навіть мури. Ще раз зруйнували татари місто в 1598 р. З 1636 р. Збараж належить до магнатів Вишнівецьких —так як колишній власник міста, пан Збаразький не мав ні дітей, ні спадкоємців.

Найбільше місто відоме подіями періоду Українсько-польської війни 1648-57 рр., а саме облогою 1649 р. В 1649 р. війська Хмельницького взяли в облогу сильний польський гарнізон у Збаражі. На допомогу оточеним вийшла добірна армія, керована самим королем Яном ІІ Казимиром. Гетьман атакував поляків під Зборовим (це недалеко від Збаража) і мало не взяв короля у полон. На заваді став союзник Хмельницького кримський хан Іслам-Гірей, що пригрозив, що перейде на бік Яна Казимира, якщо бойові дії не будуть припинені. Результатом став Зборівський договір, за яким реєстр козацького війська було скорочено з 60 до 40 тисяч, а в складі гетьманської держави залишились Київське, Чернігівське та Брацлавське воєводства, поділені на полки. Волинь, Поділля та Полісся відійшли до Польщі. Під мурами Збаразького замку загинув корсунський наказний полковник С. Мрозовицький (Н. Морозенко), був тяжко поранений Іван Богун. 1707 року тут побував Петро І.

1773 р. місто увійшло до Австрійської (від 1869 — Австро-Угорської) імперії. 1797 р. ці­сар Франц ІІ підтвердив герб міста: на ньому зобра­жений верхи на коні св. Юрій, який убиває драко­на.

На околицях міста три­вають археологічні розкопки; віднайдені мезолітична стоянка (8 тисяч років до нашої ери), по­селення трипільської, черняхівської, Лука-Райковецької, давньоруської культур, могильник 8-9 ст.

Замок

Теперішній замок (вул. Б. Хмельницького) розташований на вершині гори над заболоченою долиною річки Гнізни.   В 1612 – 1631 рр. його побудовою опікувались брати Христофор та Юрій Збарацькі. Для цього вони запросили арх. Вінченцо Скамоцці, але припускають, що основну роботу виконав нідерландець Генріх Ван Пеен. Замковий палац спорудили 1612 – 1627 рр. як palazzo in forteca . 1631 р. Після смерті Ю. Збаразького власником став Ярема Вишневецький. Магнат перетворив фортецю на неприступну, оточив її земляними валами шириною 23 м, прибудував каземати з підземними ходами, збільшив кількість гармат. Замкова криниця сягає понад 70 м глибини Після нещасливої для поляків битви під Пилявцями замок недовго належав козакам, але вже 1649 р. під його стінами відбулась грандіозна битв. Фортецю оточили 100-тисячна козацька та татарська армії. Під час шеститижневої оборони поляки активно використовували підземелля. Замок витримав облогу і дочекався допомоги короля Яна ІІ Казимира. Однак 1675 р. фортецю таки здобула і знищила турецька армія Ібрагіма Шишмана. Наступні руйнування стались 1717 та 1734 рр. через напади російських військ. Усередині XVII ст. замок перейшов у власність Потоцьких, а 1840 р. тут навіть влаштували цукровий завод. Перебудови під потреби виробництва знали цілісність архітектури. Руйнування довершила пожежа 1896 р. Лише після багатьох років запустіння фортецю перетворили на музей та почали відбудовувати.

костел Св. Антонія та монастир отців бернандинців

В Збаражі на велику увагу заслуговує костел Св. Антонія та прилегла будівля монастиря отців бернандинців

В 1675 році, ще одна сталася трагедія. Татарські завойовники захопили замок, спалили костел та монастир і вбили 3 францисканців. Замок відбудував Дмитро Вишньовєцкі, а величний костел, якому надали титул св. Антонія, який зберігся дотепер, було зведено лише в 1723 року з допомогою Юзефа Потоцького та його сина Станіслава, воєводи Київського.

Костел було освячено 2 серпня 1755 року єпископом Луцьким Антонієм Еразмом Волловичем. Монастир було збудовано майже одночасно з замком, але зберігся комплекс в дещо іншому вигляді. Комплекс монастиря у 1755 року було реконструйовано в ренесансно-барочному стилі і складався з костелу, келій і башти з брамою. В інтер`єрах було застосовано так званий "ілюзорний живопис". 

На даний час, в костелі частково збереглися вівтарі зі скульптурним оздобленням XVIII ст. (авторства А. Осінського), фрагменти стінопису кінця XVIII ст. та ХІХ ст. Від живопису збереглися лише фрагменти, як і від чудового різьб`яного декору монастиря. Дзвіниця (1746-1755 рр., архіт. Йоган Ганц) є складовою комплексу монастиря. Розміщена на північ від костелу, прилягає до оборонних мурів. Мурована з каменю та цегли, прямокутна в плані, двоярусна, фасади тиньковані, членовані лопатками і розділені карнизами. Вікна арочної та прямокутної форм. Фронтон увінчує скульптурна постать святого. Двосхилий дах має дерев`яні конструкції, покрівля виконана з оцинкованої бляхи. У пивницях півциркульні склепіння. На відміну від костелу, дзвіниця не була ушкоджена під час пожежі 1788 року, а тому зберегла свої первісні барокові форми. 

Збаразький монастир до 1785 року був одним з найважливіших в Руській Провінції. Тут відбувалися навчання з філософії та проводилися Провінціальні Капітули. 

Від 1768 року при монастирі існував шпиталь - притулок для вбогих та хворих, а від 1777 року при ньому були парафіяльна школа та латинська гімназія. Брати часто отримували подяки від Львівських архієпископів та державної влади за душпастирство та культурно-освітню працю. У 1823 року гімназія отримала державні права. 

Збаразький монастир був дуже зруйнований під час Польсько-Української війни в 1918-1919 роках.

В 1946 році францисканці, за розпорядженням комуністичної влади, були змушені примусово покинути монастир та костел і втікати геть зі Збаража. За часів комуністичного поневолення, монастир та костел, були використовувані не за призначенням і дознали великих зруйновань і профанації.

Брати повернулися до Збаража лише у 1990 році. Костел та монастир потребував і потребує грунтовного ремонту. Від половини 1994 року ремонтно-будівельні праці проводив бр. Максиміліан Жидовські з польської Провінції Непорочного Зачаття ПДМ, працюючий вже в новоповсталій Кустоді св. Архангела Михаїла. Усі Богослужіння відбувались у тимчасовій бочній каплиці, до якої приходило близько 70 вірних. 

На початку серпня 1997 року за невідомих обставин згорів дах монастиря, і з цієї причини брати змушені були перейти жити в приватний дім неподалік від костелу. 

В 2000 році кардинал Мар`ян Яворський доконав урочисто акту консекрації костелу. З того часу, в літньому періоді, богослужіння відбуваються в храмі при головному вівтарі. 

На даний час, костел як пам`ятка культури, знаходиться під охорону Н.І.А.Зу, а монастир знову братам забрала державна влада і він знову використовується не за своїм призначенням.